현역 복무 뒤 종교나 양심상의 이유로 예비군 훈련을 거부한 사람이 진정한 양심에 따른 예비군 훈련 거부자에 해당하는지는 법원이 구체적으로 판단해야 한다고 헌법재판소가 판단했다.

"대법원은 진정한 양심에 따른 병역거부는 병역법의 '정당한 사유'에 해당한다고 판단했고, 예비군 훈련도 집총이나 군사훈련을 수반하는 병역의무의 이행이라는 점에서 전원합의체 판결의 법리에 따라 예비군법에서 정한 '정당한 사유'를 해석함이 타당하므로, 진정한 양심에 따른 예비군 훈련 거부의 경우에도 예비군법 내지 구 향토예비군 설치법에서 정한 '정당한 사유'에 해당한다고 봐야 한다고 판단했다"는 것이다.

그러면서 "진지한 양심의 결정에 따라 예비군 훈련을 거부하는 사람에 대한 처벌 문제는 심판 대상 조항의 위헌 여부가 아니라 제청 신청인들과 같이 양심의 자유를 주장하며 예비군 훈련을 받지 않은 사람이 진정한 양심에 따른 예비군 훈련 거부자에 해당하는지에 대한 법원의 구체적 판단의 문제로 남게 됐다"고 짚었다.